Este recomandat doar ca adjuvant al tratamentului conservator. Candidați pentru tratamentul farmacologic sunt pacienții cu IMC>27 kg/m2 și una sau mai multe complicații ale obezității, eșec anterior al terapiei conservatoare sau recâștig al kilogramelor pierdute prin dietă și exercițiu fizic.
Agenții farmacologici aprobați în România pentru tratamentul obezității sunt Orlistatul (inhibitor al absorbției grăsimilor) și Naltrexona/Bupropion (actionează asupra acelor zone din creier care controlează aportul alimentar și plăcerea asociată consumului de alimente). Având în vedere efectele adverse ale acestor medicamente, decizia de inițiere a terapiei este luată de către medicul specialist doar atunci când beneficiile depășesc riscurile asociate. De menționat că eficacitatea lor este relativ scăzută iar tratamentul este unul de lungă durată.