Tratamentul hipotiroidiei congenitale este obligatoriu. Există variante care sunt tranzitorii, recomandându-se la vârsta de 2 ani o reevaluare. Dacă tratamentul este inițiat cât mai repede după naștere și menținut în doze adecvate, cu control hormonal bun, riscurile nu sunt diferite de copii născuți fără această boală. Consecințele hipotiroidiei congenitale netratate corect pot fi un anumit grad de retard în dezvoltarea neuro-psiho-motorie, o statură mai mică în comparație cu media pentru vârstă și sex. De aceea tratamentul trebuie luat corect, cu doze potrivite în funcție de greutate sau/și vârstă și este necesar un control periodic
indicat de medicul endocrinolog.
