În caz de eșec al mijloacelor terapeutice prezentate anterior se poate recurge la chirurgia bariatrică. Decizia intervenției chirurgicale trebuie luată de o echipă multidisciplinară, în centre cu experiență în domeniu, scopul fiind alegerea celei mai bune soluţii chirurgicale, scăderea ponderală, menţinerea unei greutăţi optime, precum și supravegherea evoluţiei pacientului pe termen lung. Stabilirea unor ținte realiste este o parte foarte importantă a procesului de evaluare. Este puțin probabil ca pacienții supuși intervenției chirurgicale să ajungă la greutatea ideală.
Candidați pentru chirurgia bariatrică sunt pacienții obezi cu IMC>40 kg/m2, sau cei cu un IMC 35-40 kg/m2 cu comorbidități: diabet, hipertensiune arterială,sindrom de apnee de somn,afectarea majoră a calității vieții, care nu au reușit sa scadă în greutate sau să își mențină pe termen lung greutatea corporală, în ciuda tratamentului non-chirurgical adecvat.
Contraindicațiile chirurgiei includ: absența unei perioade de tratament conservator, lipsa complianței; cauze secundare de obezitate; boli psihiatrice, depresie severă; abuzul de alcool/ dependența de droguri; risc chirurgical inacceptabil.